ฉลากจีเอ็มโอในประเทศไทย มีมานานตั้งแต่ปีพ.ศ. 2545 ครอบคลุมอาหาร ผลิตภัณฑ์อาหารที่มีจีเอ็มโอ เพียง 2 ชนิดคือถั่วเหลืองและข้าวโพดใน 22 รายการ และยอมรับให้มีการตกค้างของวัตถุดิบที่มีจีเอ็มโอ ร้อยละ 5 เนื่องจากในสมัยนั้นห้องทดลองของประเทศไทย สามารถตรวจสอบการตกค้างจีเอ็มโอได้เพียงร้อยละ 3 ทำให้เรายอมรับการตกค้างมากถึงร้อยละ 5